Para conocer su origen debemos trasladarnos al año 1957 cuando el Cura Párroco de Desamparados, don Santiago Núñez visitó Panamá y reunido con la Madre Imelda María, le comentó sobre la necesidad urgente de crear una institución para la formación de las jóvenes desamparadeñas.
La Hermana le contestó que era difícil porque la mayor parte de las religiosas laboraban en Colombia. Sin embargo, el Padre insistió y así en una mañana del mes de febrero de 1958, el Nuestra Señora abrió por primera vez sus puertas iniciando las labores en la vieja casa cural cedida por el Padre Núñez. Fue aprobado mediante la resolución número 617 del 28 de agosto de 1958 que dice” Se aprueba Colegio en sus secciones de Kinder y todos los niveles de Bachillerato Académico”.
Las primeras estudiantes fueron 28 entusiastas jóvenes, deseosas de aprender de las y los nobles formadores Teresa de Yarumal, Isabel de la Trinidad de San José y Marta Inés y algunos profesores seglares como do Bolívar Ureña y doña Albertina de Ramírez. Años después en 1961 le correspondió a la comunidad abrirse paso en busca de otro edificio y así fue como se trasladó el Colegio al lugar que hoy ocupa. En aquel tiempo era una casona con grandes corredores.
Después, con mucho sacrificio de parte de las Hermanas, padres de familia y mediante donaciones de varias familias desamparadeñas, quienes sentían gran amor por la Institución y la consideraban “como parte de su vida”, se adquirió un terreno aledaño para iniciar la construcción que alberga la obra.
Así se construyó el primer pabellón que está situado contiguo a la biblioteca. Hasta 1971 funcionó como Institución privada; en 1972 adoptó la modalidad de Colegio Subvencionado por el Estado como apoyo económico a los padres de familia, lo que permite brindar servicios educativos a un mayor número de estudiantes. En el 2018, año del 60 aniversario, la institución marca la historia y acepta por primera vez a hombres y mujeres.
La Congregación de las Hermanas Terciarias Capuchinas de la Sagrada Familia, rectora de la Institución, fundada por Monseñor Luis Amigó y Ferrer en Massamagrell, España en el año 1885 junto con el Personal Docente y Administrativo, desarrollan su acción educativa mediante una Pedagogía concreta: la Pedagogía del Amor, herencia bendita del Padre Luis, la cual se basa en el Amor y encausa a la joven mediante una educación integral con dimensión católica.
El ideal de vida de las Hermanas Terciarias Capuchinas de la Sagrada Familia se encamina, como todo ideal cristiano, a crecer y madurar personalmente en el amor junto a Dios y a transfundir este amor al prójimo en actitud de donación y servicio. Amor, abnegación y sacrificio, son las tres palabras en que se centra su ideal de vida cristiana. Pero este ideal adquiere matices más concretos desde las figuras del Buen Pastor, de la Familia de Nazaret y de Francisco de Asís, que son los modelos que el Padre Fundador Fray Luis Amigó les propuso para crecer.